Demi menjaga kelestarian sumberdaya ikan di alam, maka dikeluarkanlah regulasi penangkapan ikan seperti membatasi jumlah tangkapan yang diperbolehkan, dan mengatur jadwal penangkapan ikan berdasarkan musim. Berikut adalah beberapa Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan terkait dengan kelestarian sumberdaya perikanan.
- Permen nomor 2/PERMEN-KP/2015 tentang Larangan Penggunaan Alat Penangkapan Ikan Pukat Hela (Trawls) dan Pukat Tarik (Seine Nets) di Wilayah Pengelolaan Perikanan Negara Republik Indonesia
- Permen nomor 1/PERMEN-KP/2015 tentang Penangkapan Lobster (Panulirus spp.), Kepiting (Scylla spp.), dan Rajungan (Portunus pelagicus spp.)
- Permen nomor 57/PERMEN-KP/2014 tentang Perubahan Kedua atas Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor PER.30/MEN/2012 tentang Usaha Perikanan Tangkap di Wilayah Pengelolaan Perikanan Negara Republik Indonesia
- Permen nomor 56/PERMEN-KP/2014 tentang Penghentian Sementara (Moratorium) Perizinan Usaha Perikanan Tangkap di Wilayah Pengelolaan Perikanan Negara Republik Indonesia
